Pachelbel è conosciuto in particolare per le sue composizioni per organo, sacre e profane, che ammontano a più di duecentocinquanta, tra cui 95 fughe sul Magnificat e un ottantina di corali. Ma il suo lavoro spaziò attraverso tutti i generi musicali del tempo: corali o preludi corali, poi fughe, ciaccone, variazioni, toccate, fantasie e preludi.
A questo complesso di opere dovrebbe aggiungersi la raccolta MS, conservata a Weimar, compilata dai suoi allievi e contenente 160 melodie di corali col basso e 82 fughette su temi di corale.
Per quanto riguarda la Musica da camera, compose numerose suites e variazioni su Lieder. Tra le composizioni da camera, ha assunto notevole fama il Canone in Re maggiore, per tre violini e basso continuo, che è sicuramente uno dei brani più conosciuti della musica classica.
Compose inoltre un centinaio di lavori per canto: arie, cantate e variazioni su corali, mottetti e messe.