Allegri è stato compositore di concerti e mottetti.

Le sue opere ci sono pervenute grazie ad un’opera di stampa.

In particolare ci riferiamo a:

• Il primo libro di concerti a due, tre e quattro voci – Roma, Soldi – 1618
• Il secondo libro di concerti a due, tre e quattro voci – Roma, Soldi – 1619
• Gregorii Allegri romani Firmanae ecclesiae beneficiati motecta duarum, trium, quatuor, quinque, sex vocum, liber primus – Soldi – 1620
• Gregorii Allegri romani Firmanae ecclesiae beneficiati motecta duarum, trium, quatuor, quinque, sex vocum, liber secundus – Soldi – 1621

E’ il Miserere a due cori (l’uno a quattro, l’altro a cinque voci) che si cantava a Roma, nella Cappella Sistina, durante la settimana Santa, a cui Allegri deve la reputazione di cui gode.

Esistono molti Miserere, ma quello di Allegri è uno di quei brani di cui non si comprende l’effetto alla sola lettura, per via della grande semplicità che vi regna, ma esisteva nella cappella pontificia una tradizione esecutiva eccellente che ne faceva risaltare i meriti, dandogli una sfumatura religiosa ed espressiva di cui non ci si può far l’idea senza averlo sentito.  Ma la vera particolarità del brano è che veniva cantato al buio, e per l’effeto sopra citato, e perché nessuno lo potesse copiare. Mozart per trascriverlo lo dovette ascoltare una seconda volta, Haydn lo trascrisse ascoltandolo solamente una volta.  Mozart, che lo trascrisse sentendolo cantare, ne diede copia al dottor Burney che lo pubblicò a Londra nel 1771.