Nacque a Palermo il 12 maggio 1660.
Visse in continuo movimento tra Roma e Napoli, con alcune parentesi fiorentine e veneziane. Appena dodicenne si trovava a Roma dove si formò musicalmente, probabilmente sotto la guida di Giacomo Carissimi. Il primo incarico di un certo rilievo è datato 1678, allorché Scarlatti fu nominato vice-maestro di cappella alla chiesa di S. Giacomo degli Incurabili. Dell’anno seguente è la sua prima opera, “Gli equivoci nel sembiante”, inscenata con grande successo al Teatro Capranica di Roma.
Nel 1680 scrive la “Passione secondo S.Giovanni” che sarà particolarmente apprezzata. Il suo talento non passò inosservato e poté contare sul mecenatismo di parecchie personalità, come il marchese Francesco Maria Ruspoli, i cardinali Pietro Ottoboni e Benedetto Pamphilj e la regina Cristina di Svezia.
Ma per un compositore particolarmente votato all’opera come lui il clima che si stava profilando in quegli anni a Roma non era dei più propizi: il Papa Innocente XII aveva vietato le rappresentazioni pubbliche dell’opera e per Scarlatti esercitare proficuamente la sua professione diventava più difficile.
Ad ogni modo la sua nomea aveva già superato le mura della città papale, e nel 1684 fu assunto come maestro della cappella del viceré di Spagna, a Napoli, città dove i teatri di San Bartolomeo e dei Fiorentini godevano di ottima salute, e dove Scarlatti diresse una compagnia d’opera che si serviva di alcuni dei migliori cantanti dell’epoca: Giuletta Zuffi, soprano, e i castrati Paolo Pompeo Besci, detto Paolucci, e Giuseppe Constantino, detto Brunswich.
Rimase per diciotto anni alla corte napoletana, componendo due o tre opere l’anno, circa 32 in tutto; oltre ad un gran numero di oratori, cantate profane e lavori sacri, divenendo la figura dominante della vita musicale partenopea.
Nel 1702, in seguito alla guerra di Successione spagnola che vide in conflitto i Borboni con gli Asburgo, si creò una situazione critica che indusse Scarlatti a lasciare Napoli. Si recò a Firenze, assieme al figlio Domenico, per entrare al servizio del granduca Ferdinando III de’ Medici. Ferdinando però non gradì Alessandro, perché secondo lui componeva musica troppo difficile; perciò ritornò a Roma, dove pare lo aspettasse a braccia aperte il suo vecchio mecenate, il cardinale Ottoboni. Tra il 1703 e il 1708, Scarlatti soggiornò principalmente a Roma, dove diresse le cappelle musicali del cardinale e della chiesa di Santa Maria Maggiore. Nel 1706, Scarlatti fu ammesso, assieme ad Arcangelo Corelli e Bernardo Pasquini, all’Accademia dell’Arcadia. Nel 1708 il nuovo viceré di Napoli, il cardinale Grimani, offrì a Scarlatti di riprendere l’incarico di maestro di cappella, e il compositore accettò.
Dal 1710 incominciò a dedicarsi anche alla composizione di musica strumentale, un genere fino a quel momento del tutto marginale nella sua produzione: è del 1715 la sua prestigiosa raccolta di 12 Concerti Grossi.
Tra il 1719 e il 1723 lavorò di nuovo a Roma; infine tornò a Napoli, dove visse fino alla morte. Si può leggere sulla sua tomba, che si trova alla cappella Santa Cecilia, nella chiesa di S. Maria di Montesanto, la seguente iscrizione, per mano dell’Ottoboni:
Heic situs est
eques Alexander Scarlatus
vir moderatione beneficentia
pietate insignis
musices instaurator maximus
Ovvero: qui giace il cavaliere Alessandro Scarlatti, uomo che si è distinto per padronanza di sé, generosità e bontà, il più grande rinnovatore della musica.