I primi rudimenti musicali furono impartiti al giovane Schubert direttamente dal padre, che era maestro di scuola, e da Michael Holzer, organista della parrocchia. Undicenne, dotato di un’angelica voce di soprano, vinse il concorso di ammissione per i fanciulli cantori della Cappella Reale; il parere favorevole fu espresso dal compositore italiano Antonio Salieri.
Il giovane Schubert abbandonò così la casa paterna per iniziare la vita collegiale al Reale e Imperiale Convitto Civico, dove trovò amici fedeli che non lo avrebbero più abbandonato nel corso della sua breve esistenza. Nel 1813 lasciò la scuola, per la trasformazione della sua voce, continuando però a studiare  composizione con Antonio Salieri.
Durante i tre anni successivi, assecondando i desideri paterni, frequentò la Scuola Superiore per ottenere il diploma di aiuto istitutore.